On suit l'histoire de Kotono, une très belle Geisha, qui a hérité de l'épée de son père et qui poursuit Hyoe, l'homme qui est l'assassin de son père. Elle rencontre sur son chemin des Ninjas et Assassins qui vont l'aider à découvrir le secret de son épée.

Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…

Ishikawa Goemon met la main sur un objet secret, ce qui provoque la colère du sanguinaire Toyotomi Hideyoshi. Sa tête mise à prix, le voleur virtuose va rapidement se retrouver au centre d'un écheveau de vengeances et de complots.

Sous le règne du huitième shogunat des Tokugawa, le domaine de Yunagaya, dans la région de Tohoku, est un petit fief dont le daimyo est Masaatsu Naito. Le daimyo reçoit l'ordre d'exécuter le Sankin-kotai dans les 5 jours . Le Sankin-kotai est une coutume qui exige que le daimyo du fief rende hommage au shogun à Edo sous peine de represailles. Malheureusement, le temps nécessaire à Masaatsu Naito pour faire le trajet est de 8 jours. Cet ordre est émis parce qu'un haut fonctionnaire du gouvernement veut s'accaparer la mine d'or présente sur le fief. De plus, les dépenses pour Sankin-kotai sont élevées et le domaine est si petit qu'il semble impossible à compléter. Néanmoins, Masaatsu Naito commence une opération inattendue pour achever Sankin-kotai en 5 jours.

Le Kazuki Kitamura, toujours aussi polyvalent, est le samouraï sans maître Kyutaro Madarame, un épéiste redouté qui a connu des moments difficiles dans le vieil Edo. Coincé entre deux gangs belligérants dans une bataille épique entre les amoureux des chats et les amoureux des chiens, il accepte à contrecœur l'offre de la faction canine d'assassiner l'animal de compagnie aimé du chef adverse: un adorable chat blanc. Pourtant, en levant son épée mortelle, il ne peut pas se résoudre à l'acte, et le chat fond son cœur de ronin. Mais avant de trouver la paix en tant que chat, la redoutable Madarame devra affronter les deux gangs dans une bagarre de samouraï classique.

Une vieille femme et sa bru survivent en assassinant et depouillant les soldats qui s'aventurent dans les marais environnants.

Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée : Washizu deviendra seigneur du château de l’Araignée, mais ce sera le fils de Miki qui lui succèdera. Troublé par cette prophétie, Washizu se confie à sa femme, Asaji. Celle-ci lui conseille alors de forcer le destin en assassinant Tsuzuki…

Après l'injuste condamnation à se faire hara-kiri infligée à un jeune samouraï, quarante-sept de ses compagnons le vengent en se faisant à leur tour hara-kiri sur sa tombe.

Zatoichi, dont la tête a été mise à prix, vient trouver refuge dans un village qu’il visita 3 ans auparavant. Mais l’endroit est depuis tombé entre les mains du parrain Masagoro, réputé pour avoir dérobé une cargaison d’or du Shogun. Masagoro vient d’embaucher un mystérieux garde du corps (Toshiro Mifune), amoureux de la maîtresse d’un marchand, père et rival de Masagoro. Ichi se fait recruter par ce marchand et commence à entretenir une étrange amitié / rivalité avec le garde du corps. La guerre entre les clans gronde...