Cornélius et Zira parviennent à retourner vers le passé, et débarquent au 20e siècle à Los Angeles. Ils y subissent les mêmes tourments que Taylor sur la "planète des singes", et découvrent petit à petit quels événements conduiront à la fin de la civilisation humaine et à la domination simienne...

En 1985, Marty McFly a retrouvé sa famille et sa petite amie après un voyage mouvementé dans le passé. Surgit alors Doc Brown, au volant de sa machine à explorer le temps. Il lui enjoint de le suivre dans le futur, en l'an 2015, pour secourir son fils tombé sous la coupe du sinistre Biff Tannen.

Depuis la défaite de leur ennemi juré The Shredder, les liens se sont distendus entre Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. Leur vieux gourou, le rat géant Splinter fait tout ce qu'il peut pour maintenir un semblant de cohésion au sein de cette tumultueuse équipe, et s'inquiète d'autant qu'il sent planer une lourde menace sur New York.De fait, le richissime industriel Max Winter est en train de lever une vaste armée de monstres aux fins de dominer le monde. Aidés de leurs fidèles comparses April O'Neil et Casey Jones, nos Tortues vont devoir livrer le plus féroce combat de leur vie en affrontant à nouveau le mystérieux clan des "Foot", recruté par le diabolique Winter...