On suit l'histoire de Kotono, une très belle Geisha, qui a hérité de l'épée de son père et qui poursuit Hyoe, l'homme qui est l'assassin de son père. Elle rencontre sur son chemin des Ninjas et Assassins qui vont l'aider à découvrir le secret de son épée.

L'histoire de la famille Sonnenschein à travers le destin de trois générations, de l'empire des Habsbourg jusqu'au lendemain de la révolution hongroise de 1956. Avec sa formule de liqueur médicinale, Emmanuel Sonnenschein a bati la fortune de la famille et déjoué, pour un temps seulement, l'antisémitisme prononcé de la sociéte hongroise. Mais son fils Adam, malgré une médaille d'or aux Jeux olympiques de 1936, ne pourra échapper a l'holocauste. C'est en partie pour le venger que son fils Ivan a choisi de faire carrière dans la politique.

Jacques Kristoff, un agent spécial, est dans un train qui va de Slovaquie en Allemagne. Il doit escorter Galin, une espionne, mais le train est pris en otage par des terroristes qui demandent une arme bio-chimique en échange des otages.

Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…

Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.