Après l’arrivée de mystérieux visiteurs au royaume, la princesse Alise, Lucas et leurs amis se transforment en agents secrets au cours d’une aventure d’espionnage visant à vérifier si ceux-ci sont dignes de confiance. Ils devront avoir recours à toutes leurs méthodes d’enquête sophistiquées ainsi qu’à quelques gadgets de pointe pour résoudre ce mystère royal et sauver le royaume.

Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…

Après avoir rejoint la société secrète de la fleur rouge. Fong Sai Yuk est engagé par le chef Chen Chia-lu pour voler un coffre d'une grande valeur. Lors de l'opération, Fong échoue en voulant sauver la vie de la fille du général Sun et est emprisonné.

Ichi arrive dans une ville où il est rapidement pris à partie par Tobei, un parrain local qui lui demande de l’aider à combattre le clan rival de Doyama. Ichi trouve sur son chemin un vieil homme mourant qui lui confie la jeune Mitsu, et lui fait promettre de la ramener chez son père. Mitsu appartient à une riche famille de commerçants d’Edo, et bientôt les deux clans yakuzas voient en sa capture le moyen de toucher une confortable rançon. Ichi va devoir se frayer son chemin entre les deux gangs et échapper aux griffes vengeresses d’Hisa, la veuve d’un samouraï qu’Ichi fut amené à tuer en combat.