Le Retour du Joker raconte l'histoire de la réapparition de l'ennemi de Batman, 40 ans après avoir disparu de la scène. Bruce Wayne semble connaître la raison de cette longue disparition du Joker, et est ainsi certain qu'il ne peut s'agir de la même personne. Lui et Terry McGinnis tentent de découvrir la véritable identité du vilain, et son plan. Au fur et à mesure de l'enquête, les destins de plusieurs autres personnages de l'univers de Batman, qui n'avaient pas encore été mentionnés dans la série Batman, la relève, sont révélés, et notamment celui du second Robin (Tim Drake).

En 2008 Londres est en plein chaos. Le niveau de la mer a monté et une grande partie des terres est immergée sous les eaux. Une créature diabolique erre dans la ville. La rencontrer signifie souvent terminer le coeur arraché. Le nombre de victimes augmente d'une manière inquiétante. Le policier Harley Stone flanqué de ses deux collègues part à la recherche du monstre.

Alors que la terre n’est plus qu’une immense décharge de mécaniques rouillées où cohabitent robots et chasseurs de primes, le Dr Ido trouve par hasard la tête d’un cyborg vieux de plusieurs siècles et décide de la reconstruire. Mais Gally à sa renaissance n’a aucun souvenir de sa vie précédente. La violence impitoyable de la décharge révèlera ses incroyables aptitudes guerrières et la fera entrer dans l’univers terrifiant des chasseurs de primes.

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?

Dans un futur proche, les hommes sont parvenus à prolonger et améliorer la vie de leurs semblables à l'aide d'organes artificiels extrêmement sophistiqués et coûteux, élaborés par une société connue sous le nom de L’Union. Le sombre coté de cette percée scientifique : lorsque les "greffés" ne sont plus à même d'honorer les échéances de leur crédit, L’Union envoie alors ses agents spécialisés, les Repo Men, pour reprendre la marchandise, sans se préoccuper du confort ou de la survie de leurs clients insolvables. Rémy, un des meilleurs Repo Men sur le marché, est victime d'un arrêt cardiaque et se réveille avec le dernier modèle de cœur artificiel implanté dans le thorax, et la note salée qui l'accompagne.

New York, XXIIIème siècle. Une boule de feu fonce sur la Terre. Pour l'arrêter il faut retrouver le Cinquième Élément, l'être suprême, qui associé aux quatre éléments vitaux - l'air, l'eau, le feu et la terre - peut seul repousser Le Mal. Cornélius reçoit l'aide de Korben, taxi et ancien agent secret, et de Leeloo, extraterrestre qui a pris la forme d'une jeune femme aux cheveux oranges.

Un agent d'une unité spéciale, un blade runner, doit poursuivre et éliminer les quatre répliquant qui ont volé un navire dans l'espace et sont retournés sur Terre pour trouver leur créateur.

2133: La moitié de l'humanité a été décimée par une guerre mondiale non-nucléaire. Des cendres terrestres nait Olympus, cité utopique, où les humains (reconditionnés) et les bioroïdes vivent en parfaite harmonie. Pour protéger ce "paradis", une unité spéciale a été crée: l' ES.W.A.T. Deunan et Briareos le cyborg font équipe au sein de cette unité. Lors d'une intervention anti-terroriste dans une église abandonnée, Briareos est blessé. Deunan doit donc faire équipe avec un nouveau partenaire: Tereus, un bioroïde dont la voix et le visage sont en tous points identiques à ceux de Briareos avant qu'il ne devienne un cyborg. Un changement qui perturbe fortement les sentiments de Deunan alors que les menaces terroristes se font de plus en plus pressantes.

L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».

Dans un futur proche, l’humanité a réussi à dompter la technologie et bénéficie de tout le confort moderne. Mais un dernier enjeu pèse sur la société : le vieillissement de la population. Pour résoudre ce fléau grandissant, la médecine est remplacée par la robotique avec la création d’une machine nommée le « Z-001 », capable de prodiguer tous les soins nécessaires aux personnes âgées. Kijûrô Takazawa est le premier cobaye contraint à tester ce robot, bien que ce dernier aurait souhaité rester avec son ancienne infirmière, la jeune Haruko. L’expérimentation tourne mal et le Z-001 se transforme en arme de destruction massive.

À l'aube de l'an 2000, Détroit est, comme toujours dans cette sorte d'histoire, la proie du crime et de la corruption. Pour pallier ce terrible état, les services de police inventent une nouvelle arme infaillible, Robocop, mi-homme, mi-robot, policier électronique de chair et d'acier qui a pour mission de sauvegarder la tranquillité de la ville. Mais comme souvent, ce cyborg a aussi une âme.

La criminalité fait rage à Détroit et la police ne sait plus où donner de la tête. Vient s'ajouter à ce fléau une nouvelle drogue, le Nuke, qui commence à proliférer dangereusement au sein de la population... Le maire, qui a endetté sa ville, va devoir laisser une puissante organisation, l'OCP, prendre le contrôle de la cité s'il ne parvient pas à rembourser la dette qu'il a contractée auprès de la firme... Robocop, un policier construit à partir du corps du défunt agent Murphy et de composants électroniques hautement sophistiqués, essaie tant bien que mal, de faire respecter la loi avec l'aide de sa coéquipière.